Sanktuarium Maryjne w Stoczku Klasztornym powstało z inicjatywy biskupa Mikołaja Szyszkowskiego (1633-1643) po wyniszczających wojnach Rzeczypospolitej z Rosją, Szwecją i Turcją w XVII w. W latach 1639-1641, wkrótce po podpisaniu pokoju ze Szwedami, powstała w Stoczku okrągła świątynia z kopułą, na wzór rzymskich bazylik, jako dar dla Matki Pokoju. W 1640 r. bp sprowadził z Rzymu kopię obrazu Matki Bożej Śnieżnej.
Troskę o sanktuarium powierzono oo. Franciszkanom, którzy zamieszkali w drewnianym klasztorze. W 1666 r., w 700 rocznicę chrztu Polski bp warmiński Jan Wydżga zbudował dla nich klasztor murowany.
Sanktuarium nawiedzały tysiące pielgrzymów, dokonywało się tutaj wiele cudów, głównie uzdrowień obejmujących epilepsje, bóle głowy, schorzenia oczu, przywrócenie słuchu, wzroku, władzy w nogach.
W okresie zaborów świątynia w Stoczku przechodziła różne koleje losu. Był nawet okres ok. 15 lat kiedy w Sanktuarium nie odprawiano Mszy św. Było ono zamknięte (1826 r.). Ruch pielgrzymkowy trwał jednak dalej.
Ponowny rozkwit Sanktuarium rozpoczyna się od 1841 roku. Na początku XX w. klasztor służył jako dom rekolekcyjny. Ruch był tak duży, że nadbudowano jedno piętro (ok. 1909 r.). Po zakończeniu II wojny światowej Stoczek wraz z Warmią znalazł się ponownie w granicach Polski.
Wielkim czcicielem Bożej Matki i dobrodziejem Stoczka był Prymas Polski Kardynał Stefan Wyszyński. Internowany przez władze komunistyczne i uwięziony w opuszczonym i zimnym klasztorze (1953-1954 r.) w dniu 8 grudnia 1953 roku złożył Akt Osobistego Oddania się Matce Bożej, który później rozszerzył na cały naród w postaci Ślubów Jasnogórskich. Tutaj, w Stoczku dojrzewała w Nim myśl o Wielkiej Nowennie przed Millenium Chrztu Polski. W 1977 roku złożył także prymasowskie votum – burtsztynowy różaniec. W klasztorze mieści się „Izba Pamięci” ku czci Prymasa, cela więzienna, a w kościele znajduje się płaskorzeźba wykonana z brązu, której fundatorem jest Prymas Polski Kardynał Józef Glemp.